2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun Ek 5 inci maddesinde, "Vakıflarca kurulacak yükseköğretim kurumlarının, vakıf yönetim organı dışında en az yedi kişiden oluşan bir mütevelli heyeti bulunur. Mütevelli heyet üyeleri, vakıf yönetim organı tarafından dört yıl için seçilir, süresi biten üyeler yeniden seçilebilir. Mütevelli heyet üyelerinin yaş sınırlaması hariç Devlet memuru olma niteliklerine sahip bulunmaları ve en az üçte ikisinin lisans düzeyinde yükseköğrenim görmüş olması gerekir. Mütevelli heyet üyeleri kendi aralarından bir başkan seçer. Mütevelli heyet vakıf yükseköğretim kurumunun tüzelkişiliğini temsil eder. Vakıf yükseköğretim kurumlarının yöneticileri Yükseköğretim Kurulunun olumlu görüşü alınarak mütevelli heyet tarafından atanır. Mütevelli heyet; vakıf yükseköğretim kurumu yöneticilerine uygun gördüğü ölçüde yetkilerini devredebilir. Yükseköğretim kurumunda görevlendirilecek yöneticiler ve öğretim elemanları ile diğer personelin sözleşmelerini yapar, atamalarını ve görevden alınmalarını onaylar, yükseköğretim kurumunun bütçesini onaylar ve uygulamaları izler, Ayrıca vakıfça hazırlanan yönetmelik hükümlerine göre diğer görevleri yürütür." hükmüne, Ek 8 inci maddesinde ise, "Vakıfça kurulacak yüksekögretim kurumlarındaki akademik organlar, Devlet yükseköğretim kurumlarındaki akademik organlar gibi düzenlenir ve onların görevlerini yerine getirir. Öğretim elemanlarının nitelikleri Devlet yükseköğretim kurumlarındaki öğretim elemanlarının niteliklerinin aynıdır. Devlet yükseköğretim kurumlarında çalışmaları yasaklanmış veya disiplin yoluyla bu kurumlardan çıkarılmış kişiler, vakıf yükseköğretim kurumlarında görev alamazlar." hükmüne yer verilmiştir.

2.12.2016 tarih ve 6764 sayılı Kanunun 26 ncı maddesiyle 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 53 üncü maddesinin (c) bendinin 2 numaralı alt bendindeki ''üniversite'' ibaresi, ''Devlet ve vakıf yükseköğretim'' olarak değiştirilmiş, böylece vakıf yükseköğretim kurumlarının rektörleri, rektör yardımcıları ile üst kuruluş genel sekreterlerinin bu madde kapsamında soruşturulmalarına imkan tanınmıştır. Ancak söz konusu değişiklik sadece vakıf yükseköğretim kurumlarının rektörleri, rektör yardımcıları ve üst kuruluş genel sekreterleriyle sınırlı kalmış, bu kurumlarda görev yapan akademik ve idari personeli kapsamamıştır.

Bu bağlamda, vakıf yükseköğretim kurumlarının tüzel kişiliğini temsil eden mütevelli heyetinin; yönetici, öğretim elemanı ve diğer personelin sözleşmesini yapacağı, atamalarını, görevden alınmalarını ve yükseköğretim kurumunun bütçesini onaylayacağı, akademik organların düzenlenmesinde, görevlerini yerine getirmesinde, öğretim elemanlarının niteliklerinde Devlet yüksek öğretim kurumlarındaki esasların aynısının uygulanacağı belirtilmek suretiyle vakıf üniversitelerinin Devlet yükseköğretim sistemine entegrasyonunu sağlayan özel düzenlemelere yer verildiği halde, akademik ve idari personelin sözleşmeli olarak istihdamı nedeniyle tabi oldukları hukuki rejim göz önünde bulundurularak vakıf yükseköğretim kurumlarındaki rektörler, rektör yardımcıları ve üst kuruluş genel sekreterleri hariç tutularak diğer personelin görevleri dolayısıyla ya da görevlerini yaptıkları sırada işledikleri ileri sürülen suçlar hakkında 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 53 üncü maddesinde öngörülen soruşturma usulüne tabi olacaklarına ilişkin bir hükme yer verilmemiştir.

Kaldı ki, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 53. maddesinin (c) bendinin Anayasanın 2., 10., 11. ve 140. maddelerine aykırılığı ileri sürülerek iptali istemiyle açılan davada Anayasa Mahkemesince verilen 10.10.2013 tarih ve E:2013/58, K:2013/114 sayılı kararda, "5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanunu, herkes hakkında geçerli olan ceza soruşturması ve kovuşturması hükümlerini içermektedir. Ancak, kanun koyucu, uluslararası hukuk, antlaşmalar ve iç hukuktan kaynaklanan kimi nedenlere dayanarak bu genel kurallara istisnalar getirmiştir. Buna göre, suç işleyen her kişi hakkında uygulanması gereken genel düzenlemeleri içeren 5271 sayılı Kanun hükümleri bazı suç failleri bakımından uygulanmayacak, bunlara ilişkin ilgili kanunlarındaki özel soruşturma ve kovuşturma usulleri geçerli olacaktır. Bu usullerin tanınması, uygulanacak kişilere bir zümre ya da sınıf olarak imtiyaz tanımak anlamına gelmeyip, yapılan görevin niteliğinden kaynaklanmaktadır. Böylece, hem yapılan görevin en iyi şekilde ve etkin olarak yerine getirilmesi hem de gereksiz şikâyetlere maruz kalınarak görülen hizmetin kesintiye uğramaması amaçlanmıştır. Devlet üniversitelerinde görev yapanlar hakkındaki soruşturma usulünün itiraz konusu kural çerçevesinde özel olarak düzenlenmesi de bu kapsamda kanun koyucunun takdir yetkisi içerisinde kalmaktadır. Bu nedenle, kanun koyucunun takdir yetkisini kullanarak, Devlet üniversitelerinde görev yapan kişilerin ceza soruşturmalarının idari kurullar tarafından yürütülmesi hususunu düzenlemesinde hukuk devleti ilkesiyle çelişen bir yön bulunmamaktadır. Diğer yandan, vakıf üniversitelerinde çalışanlar ile Devlet üniversitelerinde görev yapanlar statüleri ve özlük hakları bakımından farklı kurallara bağlıdır ve dolayısıyla aynı hukuksal durumda değildirler. Bu nedenle, vakıf üniversitelerinde çalışanlar ile Devlet üniversitelerinde görev yapanların farklı soruşturma usulüne tabi tutulmalarında eşitlik ilkesine aykırılık bulunmamaktadır." denilerek itiraz konusu kuralın Anayasanın 2. ve 10. maddelerine aykırı olmadığı belirtilmiştir.

Bu durumda, vakıf Yükseköğretim kurumlarında rektör, rektör yardımcıları ve üst kuruluş genel sekreterleri hariç olmak üzere görevli diğer personel hakkında 2547 sayılı Kanunun 53 üncü maddesinin uygulanabileceğine dair açık bir hüküm bulunmadığından, suç işledikleri ileri sürülen bu kişiler hakkında genel hükümler uyarınca işlem yapılması gerekmektedir.

Açıklanan nedenlerle, ..... ..... Üniversitesi Tıp Fakültesi Öğretim Üyeleri ..... ....., ..... ..... ....., ..... ..... ile ..... ..... Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Yoğun Bakımlar Hemşirelik Hizmetleri Sorumlusu ..... .....'nın men-i muhakemelerine ilişkin ..... ..... Üniversitesi Rektörlüğünce oluşturulan Kurulun 19.3.2019 tarihli kararının incelenmeksizin reddine, dosyanın, ..... ....., ..... ..... ....., ..... ..... ve ..... ..... haklarında genel hükümlere göre işlem yapılmak üzere İstanbul Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığına iletilmek üzere karar ekli olarak ..... ..... Üniversitesi Rektörlüğüne gönderilmesine, kararın bir örneğinin İstanbul Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilmesine 18.04.2019 tarihinde oybirliğiyle karar verildi.